Классификация бактерий

Исторически бактерии разделяли по форме на шарообразные бактерии (кокки, диплококки, сарцины, стрептококки), нитчатые, извилистые (спириллы — формы со спиральными завитками; вибрионы, спирохеты) и палочковидные. Последние объединяли бактерии, которые не образовывают эндоспор (собственно бактерии), и споровые бактерии (бациллы). Но потому, что бактерии очень мелкие и имеют относительно похожие формы, классификация, основанная на форме, не была успешной. Первая формальная классификация появилась после разработки Гансом Христианом Граммом методики крашения за Граммом, который разделяет бактерии за структурными характеристиками клеточной стенки. Эта схема включает:

  • Gracilicutes — отрицательные-грамм-негативные бактерии с двумя клеточными мембранами;
  • Firmicutes — положительные-грамм-положительные бактерии с толстой стенкой построенной с пептидогликанов;
  • Mollicutes — отрицательные-грамм-негативные бактерии без клеточной стенки или второй мембраны;
  • Mendosicutes — нетипично крашенные бактерии, теперь известно, что они принадлежат к архей.

Следующее развитие, по большинству основанный на этой схеме, включал сравнение бактерий, основываясь на различиях их метаболизма, вымеренных с помощью многих специфических тестов. Но хотя эти схемы помогали отличать штаммы бактерий, было неясно, или они отображают различие между разными видами, или между разными штаммами того же самого вида. Эта неуверенность была вызвана необходимостью отличительных структур в большинстве бактерий, также как и горизонтальным переносом генов между несвязанными видами. Больше того, самое понятие вида не может быть четко выраженное для бактерий. Эта проблема была решена с появлением в филогенетике генетических методик, таких как измерения относительного содержимого гуанина и цитозину, гибридизация геномов и считывания генов (особенно гену 16S ррнк). После этого таксономия развилась к аккуратной классификационной системе. В этот момент сам термин«бактерии» изменился. Термин«бактерии» традиционно применялся ко всем микроскопических прокариотов, молекулярная систематика показала, что прокариоты составляются с двух отдельных доменов, которые сейчас называются Бактерии и Археи. Эти два домена, вместе в Эукариотами, стали основой системы трех доменов, которая в данное время стала общепринятой классификацией в биологии. Следует отметить, что через некоторые остатки многочисленных исторических схем классификации и современное плохое знание биологии бактерий их классификация еще не окончательная.